Прошло пол года, с последней встречи братьев Учиха. Не мало времени утекло с тех времен. Многое изменилось в жизни каждого героя. Сражение Саске и Итачи стало легендой и распространилось по всему миру. Тогда младший Учиха смог победить своего брата, но убить его так и не удалось. Противостояние Конохи с Акацуки принесло большое горе в селение: легендарный Санин Джирайя был убит в сражении, с теперешним полноправным правителем селения Скрытого Дождя, Пейном. Такая утрата сильно отобразилось на состоянии деревни Листа в целом. Единственной поддержкой селения являлся их союз с деревней Песка, которая так же присутствовала на погребальной церемонии легендарного шиноби Конохи и страны Огня. Перед могилой своего учителя Наруто дал клятву, что отомстит за него и за все то горе, которое принесла организация «Красная Луна». Основатель клана Учиха, великий Учиха Мадара, после сражения братьев, возвысил Саске в своих глазах и встретившись с ним предложил бесконечную силу, на что Саске ответил битвой, в которой потерпел поражение. Отец клана показал свою силу юному Учихе, который осознал, что все его существование обосновывалось не на убийстве брата, а на овладении силы, которая далась лишь с местью. Саске склонился перед силой Учиха Мадары и предавшись тьме в своем сердце стал помогать своему новому учителю в поисках зловещей силы – силы Девятихвостого Демона Лиса. Одажды, старый Мадара сказал Учихе: «Я прожил достаточно долго, но все ради чего я жил – было иллюзией, настоящие – это сила и я хочу узнать, каков придел силы всего живого. Это сокровище я подарю тебе, Саске и я наконец-то осознаю  придел силы.» Лидер Акацуки, Пейн раскрыл планы Мадары, которые не коем образом не пересекались с его и решил изничтожить Учиху, который стоял на пути девятихвостой силы. Итачи, обделенный обещаниями своего учителя, присоединяется к Пейну, для осуществления своей цели – убить и превзойти Мадару. Два других Акацуки: Дейдара и Сасори так же одобрили планы своих «друзей» по организации, первый из которых поклялся уничтожить Учиха Саске за свою поражение в битве с ним, а второго охватила жажда пополнить свою коллекцию марионеток новой куклой – сильнейшим Учиха, Учиха Мадарой. Свои планы имел и король Змей, услышавший весть о смерти Джирайи, Орочимару собирая новое войско решил совершить второй «смертельный поход» на Коноху. Он заручается поддержкой многих марионеток в его делах и воскрешает из мертвых шиноби, с силой которого, по мнению Орочимару, можно будет запросто разрушить селение Листа. Этот шиноби – Хаку, тот самый парень, который когда-то сражался плечь о плечь с «Дьяволом Скрытого Тумана» Момочи Забузой. Орочимару поклялся, что если мальчишка поможет ему, то он воскресит его друга Забузу и больше некогда их не потревожит, на что Хаку дал согласия в надежде обретения счастья для себя и Забузы. Планы змеиного Саанина дошли и до ушей правителя Песка Гаары, который решил помочь союзником, предоставив свои силы для защиты от надвигающейся угрозы. Он отправился в Коноху вместе с пятью лучшими АНБУ селения, оставив государственные дела на своих брата и сестру.